月度补充住房公积金的缴纳计算方法是基于职工上一年度的月平均工资，其中个人和单位的缴存比例分别不能超过9%和低于1%。具体的比例设定由单位根据自身的运营状况来确定。

在执行过程中，个人的补充公积金由单位在每月工资中自动扣除，这是职工个人应缴的部分。单位方面，他们为职工缴纳的公积金，则由单位直接承担。这些公积金的缴存，应在发放工资后的五天内，由单位存入由市公积金管理中心在市建行设立的专门用于补充住房公积金的账户中，并且这部分款项会被记入职工的个人账户。

总的来说，补充公积金的缴纳管理是通过精密计算和及时划转完成的，确保了职工和单位的权益，同时也体现了住房公积金制度的公平性和规范性。